物極必反，轉換點往往出人意料。正是這段春風得意的時期，為巴能軍涉事武大案埋下了伏筆。當武大腐敗窩案爆發後，有媒體報道巴能軍牽涉其中。

　　10月9日，武漢大學在官網上公布：武漢大學原常務副校長陳昭方和原校黨委常務副書記龍小樂因涉嫌受賄罪，先後於9月13日和9月26日被湖北省人民檢察院批准逮捕。

　　目前，此案正在偵查中。

　　可以肯定的是，弘博公寓確實由巴能軍2000年出資承建。弘博公寓工程造價約5000萬元。對於為何采取社會招商的形式建設，時任武漢大學校長侯傑昌在接受本報記者采訪時稱，『當時正值後勤社會化改革，想引進社會資金，希望企業家參與。企業來，當然是想賺錢的。』

　　隨後又有媒體報道，武大校長顧海良曾證實，武大案件禍起弘博公寓。

　　有媒體報道稱，正是在建造弘博公寓時，巴能軍遇到資金困難，當時分管財務的副校長陳昭方以武大的名義為其貸款提供擔保，並提前預付了3年公寓租金，幫助巴能軍渡過難關。事後，巴能軍為感謝陳昭方而行賄。

　　10月15日，武漢弘博集團召開新聞發布會稱『弘博公寓』和巴能軍不是武大腐敗案的始作俑者，但並沒有在新聞發布會上公開否認巴能軍涉事武漢腐敗案，或巴能軍被調查的傳聞。

　　目前關於巴能軍具體是否涉及武大腐敗案，並沒有確切消息。因為直到目前，檢察機關也未公布具體的案情，案件仍在調查當中。

　　根據弘博集團的工商登記信息顯示，今年8月20日，武漢弘博集團的董事長、法人代表由巴能軍變更為妻子彭秀春，盡管巴能軍不再執掌弘博，但是其所擁有的股份並未減少，仍為75%。

　　張樹珍說，10月1日，巴能軍還帶著妻子回來黃灣村看望她，在家裡住了一晚。但是巴能軍並沒有跟父母談起公司的事情，也沒有表現出與往常有何不同。

　　張樹珍告訴記者，幾天前她纔知道巴能軍出事的消息，一晚上都沒有入睡。

　　對於巴能軍涉事，有人認為他是目前中國高校管理制度的犧牲品。對此，原武漢大學校長侯傑昌表示，高校內的反腐敗已引起有關部門的高度關注。侯傑昌建議，高校進行反腐敗，首先是制度建設要嚴密。比如，對於目前『三重一大』的制度(即：重要問題，重要乾部的任免，重大款項、工程的決定，都要通過集體討論)，每個學校都要根據自己的實際情況制訂一個可供操作的實施細則，並且要公布於眾，便於大家監督。

　　其次，要加強高校乾部的教育。在新時期乾部教育如何落到實處需要動腦筋。從2007年開始，教育部直屬高校的巡視工作已經在全面展開，主要是對高校的領導班子展開監督。